Nepriklausomas Lietuvos miškų departamentas 1919 metų gruodžio 5 d. raštu įkūrė Kuršėnų miškų urėdiją.

Pirmuoju miškų urėdu paskiriamas miškininkas Karolis Jurevičius, miškininkystės mokslus baigęs Vokietijoje (Obervaldo aukštoji miškų mokykla). Urėdija įsikūrė Gedinčių vienkiemyje sename pastate (remonto metu 1944 m. rasta dokumentų dalys, rodančios, kad šiame pastate jau 1790 m. buvo buvusios miškininkų žinybos patalpos). Įsteigtos pirmosios 3 girininkijos: Akmenės – 5965 ha, Papilės – 5302 ha ir Šaukėnų – 6080 ha, iš viso 17347 ha valstybinių miškų. Miškų priežiūrai ir apsaugai paskirti 3 girininkai, 3 žvalgai ir 47 eiguliai. 1926 m. įsteigtos dar 4 girininkijos: Kruopių, Užvenčio, Šiaudinės ir Raudėnų. Tais metais urėdu skiriamas Mikas Žilinskas (pavaduotojas Juozas Gaudušas), jo pastangų dėka 1929 – 1930 m. pastatytas namas urėdijos raštinei, išlikęs iki šių dienų (ilgą laiką jame glaudėsi Gedinčių girininkija).

1928 – 1929 m. urėdijos miškuose pirmąkart atlikta miškotvarka, įtaksuota per 23980 ha valstybinių miškų, suskirstytų į ūkinius blokus (pagal didžiausius masyvus, pvz.: Tryškių blokas – 2137 ha; Pažiužmės – 1583 ha; Raudėnų – 1246 ha; Kuršėnų – 1367 ha; Gedinčių – 1226 ha ir t.t.).

1928 m. įsteigta Kuršėnų girininkija, 1929 m. – Tryškių, o 1933 m. Pažiužmėlių girininkija.

1929 m. įsteigus Šaukėnų miškų urėdiją, jai perduotos 3 girininkijos: Šaukėnų, Užvenčio ir Paežerių, o Tryškių girininkija 1933 m. Telšių urėdijai.

1940 m. urėdu skiriamas Leonas Petrašauskas, o nuo 1943 m. – Valentinas Pečkaitis.

Nuo 1945 m. įkuriamas Kuršėnų miško pramonės ūkis, priskirtas Šiaulių miškų ūkio ir gamybos trestui. Tuo metu (iki 1948-01-01) Kuršėnų miško pramonės ūkiui priklausė 5 dideles girininkijos: Kuršėnų, Tryškių, Akmenės, Paežerių, Papilės.

Pokario laikotarpiu 1948 m. sausio 1 d. Kuršėnų miško pramonės ūkis panaikinamas ir prijungiamas prie Mažeikių miškų ūkio.

Įsteigus Kuršėnų rajoną, nuo 1952 m. Mažeikių miškų ūkis reorganizuojamas ir atkuriamas Kuršėnų miškų ūkis. Direktoriumi skiriamas Vladas Geralavičius, vyr. miškininku – Alfonsas Barčius (1951 – 1953 m.). Tais pat metais Kuršėnų mieste Papilės 10 pradedamas statyti miškų ūkio kontoros pastatas, kuriame 1953 m. atšvęstos įkurtuvės. Nuo 1955 m. direktoriumi paskiriamas Vladas Kavaliauskas.

1964 m. Kuršėnų miškų ūkis pavadintas miško pramonės ūkiu. Siekiant ūkių stambinimo 1973 m. įsteigtas Kuršėnų MĮS, priskirta Kuršėnų, Akmenės, Mažeikių, Telšių miškų ūkiai.

1978 m. Rudenį urėdijos raštinė perkeliama į Gedimino 4A, Kuršėnai naujai pastatytą pastatą.

1981 m. įsteigtas Kuršėnų MŪGS – Šiaulių m.p.ū., Joniškio m.ū., Tytuvėnų m.ū. ir Kuršėnų m.p.ū. Atkūrus nepriklausomybę (1990-03-11) susivienijimai panaikinami ir įkuriami miškų ūkiai, o nuo 1990-08-01 – miškų urėdijos.

2003 m. liepos 22 d. Generalinio miškų urėdo įsakymu Nr. 1B-135 likviduojamos Vanagiškių ir Vitsodžio girininkijos, Vanagiškių girininkijos miškai prijungti Pažiužmėlių girininkijai, o Vitsodžio – Šaukėnų girininkijai.2008 m.rugsėjo 3 d. Generalinio miškų urėdo įsakymu Nr. 1B-218 likviduota Pavenčių girininkija, miškai prijungti Gulbinų, dalis- Pažiužmėlių girininkijoms.

Šiuo metu urėdijoje yra MRPTP, medelynas, 7 girininkijos, jose 18 eiguvų, iš jų 7  priskirtos girininkų pavaduotojams, 8 - eiguliams. Šiuo metu urėdijoje dirba 55 darbuotojai, iš jų 39 specialistai. 1994 m. urėdijoje dirbo 375 darbuotojai, iš jų 112 specialistų. 

Visus darbus urėdijoje atlieka individualios įmones, tik dirvos ruošimą bei kitus turimus urėdijoje mechanizmus valdo urėdijos traktorininkai.

Dabartinė Kuršėnų miškų urėdija – aprūpinta šiuolaikinėmis ryšio, transporto priemonėmis, kompetentingų specialistų ir darbuotojų kolektyvas, sugebąs dirbti su naujausiomis miško ruošos ir miško auginimo bei priežiūros technologijomis.

Didelės įtakos darbo rezultatams ir gaunamoms pajamoms turi šaunus girininkų, jų pavaduotojų ir eigulių darbas. Nuo jų kvalifikacijos, kompetencijos, komercijos reikalų išmanymo, teisingo parduodamos medienos kokybės įvertinimo, priklauso visos urėdijos darbo rezultatai ir galų gale urėdijos pajamos.

Urėdijoje 2006-05-22 visuotiniame darbuotojų susirinkime priimta kolektyvinė sutartis, kurios tikslas nustatyti papildomas darbo ir socialines garantijas bei lengvatas ir nuostatas, kurios įstatymų nesureguliuotos ir įmonėms suteikta teisė pačioms spręsti.